试剂怎么用——琼脂糖

Wako



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即使是为同一目的所用的试剂种类繁多,同一物质也会有不同的浓度、纯度、规格。

因此,经常有研究人员向我们问到“不知道哪一种适合自己的实验”等。

为了解决这样的问题,小光老师将介绍一些正确区分使用FUJIFILM Wako品牌试剂的方法。




◆琼脂糖


应用于核酸电泳的琼脂糖是从石花菜、江蓠等红藻中所提取的高纯度琼脂。

琼脂糖虽在分子生物学实验中较为常见,但其实种类繁多。为选择适合实验目的的琼脂糖,需检查以下项目。


● 凝胶强度

琼脂糖凝胶破裂所需的载荷用(g/cm2)来表示。标准琼脂糖约为≧1,200 g/cm2(浓度1.5%,Nippon Gene Agarose S)。分离高分子核酸时,需要使用低浓度琼脂糖,因此使用高凝胶强度的琼脂糖可更有效地制备凝胶。反之,在分离低分子核酸时,则使用凝胶强度低的琼脂糖。


● 熔点

琼脂糖凝胶融化的温度。标准琼脂糖的熔点在90°C左右,可通过引入羟乙基来降低熔点。这种低熔点型琼脂糖比双链DNA的变性温度要低,加热至65°C左右即会熔化,因此应用于DNA回收等。低熔点琼脂糖的胶凝化温度也比其他琼脂糖低。


● 硫酸含量

应用于电泳的琼脂糖由琼脂糖和琼脂胶组成,杂质琼脂胶中含有硫酸基团。因此,琼脂糖标准品中的硫酸含量表示琼脂糖的纯化程度,高纯度琼脂糖的硫酸含量表示为≤0.1-0.2%。


● 电渗度

琼脂糖因带有硫酸基等而带负电,接触的缓冲液带正电,两者极性相反。在这种状态下进行电泳时,带正电的缓冲溶液向阴极移动。这种现象称为电渗,也是琼脂糖凝胶电泳中迁移缓慢的原因。因此,一般使用电渗度低的琼脂糖进行电泳。



Nippon Gene Agarose 产品系列及正确使用方法


产品名

产品编号

凝胶强度

熔点

胶凝温度

硫酸含量

电渗度

分离范围

使用浓度范围

用途

Agarose S

318-01195

≧1,200g/cm2

(1.5%)

≦90℃(1.5%)

37-39℃(1.5%)

≦0.1%

≦0.1

0.5-30kbp

0.5-2%

标准琼脂糖。可制备的凝胶浓度范围广,成本低。

Agarose HS

312-01431

≧1,600g/cm2

(1.5%)

≦93℃(1.5%)

37-39℃(1.5%)

≦0.1%

≦0.1

0.5-30kbp

0.5-2%

凝胶强度高,Southern印迹的理想选择。

Agarose H

312-01431

≧2,600g/cm2

(1.5%)

Boil(1.5%)

37-39℃(1.5%)

≦0.2%

≦0.2

1-200kbp

0.2-1%

可制备高凝胶强度、低浓度的凝胶。分离高分子量核酸的理想选择。

Agarose XP

316-06515

≧450g/cm2

(1.5%)

≦65℃(1.5%)

≦30℃(1.5%)

≦0.1%

≦0.1

0.01-20kbp

1-4%

低熔点琼脂糖。凝胶温度低,容易回收核酸。

Agarose 21

319-03244

≧800g/cm2

(3%)

≦85℃(3%)

34-38℃(3%)

≦0.1%

≦0.1

0.01-1.0kbp

2-5%

溶解性优异,可制备高浓度凝胶。分离小分子核酸的理想选择。

Agarose X

313-02681

≧1,200g/cm2

(4%)

≦92℃(4%)

31-39℃(4%)

≦0.15%

0.06-0.14

0.01-1.0kbp

2-6%

溶解性优异,可制备高浓度凝胶。凝胶强度高于Agarose   21。



【参考文献】


1)電気泳動学会 編:「新版 電気泳動実験法」(文光堂)(1989).

2)大藤道衛 編:「電気泳動なるほどQ&A」(羊土社)(2007).

3)Green, R. M. and Sambrook, J.: ”Molecular Cloning A Laboratory Manual, 4th ed.”, Cold Spring Harbor Laboratory Press(2012).


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